Depuis 2013, une directive OFROU exige que toutes les eaux de chaussées autoroutières soient traitées (eaux produites sur l’autoroute et sur les bretelles autoroutières). Cette directive implique donc la réalisation de nouveaux ouvrages d’évacuation et de traitement des eaux de chaussée polluées ou le renouvellement d’installations existantes.

L’élargissement de la N09 nécessitera le déplacement du séparateur et du déshuileur de la Blécherette. Les eaux supplémentaires liées à l’augmentation du bassin versant seront prises en charge par un nouveau système d'évacuation et de traitement avant d'être rejetées dans le voûtage du Petit Flon (cours d’eau récepteur), selon le schéma ci-dessous :